Ничего не знаю про это приложение "Метро", как там оно работает - чисто формально, или же детально с учётом всех факторов движения поездов. Но я могу всё же, чисто теоретически, сказать следующее.

Если маршрут с пересадками, то не всегда "короче" будет означает и "быстрее".

Общее время зависит от интервала движения поездов на разных ветках метро и их состыковки графиков движения в местах пересадки.