По своей сути, пункция(прокол), это самая простейшая хирургическая манипуляция в медицине. Следующей по значимости идёт, разрез(инцизио).

Биопсия, это материал, ткань, жидкость, человеческого организма необходимый для исследования имеющейся патологии. Таким образом имеем: пункция, это метод, способ получения биопсии. Биопсия, это биологический материал для исследования, который может быть получен в результате биопсии. Пример тому термин, пункционная биопсия, через прокол соответствующим инструментом(разные размеры игл, троакары) получают биологический материал для исследования: цитология, гистология.

Пункция - это буквально прокол. С любыми целями. Укол в вену или мышцу - тоже пункция. Существует множество всевозможных поводов - как диагностических, так и лечебных - по которым могут делать пункцию.

Биопсия - это извлечение тем или иным способом из живого человека (поэтому она "био") кусочка его ткани для исследования (поэтому она "опсия"). Часто биопсия внутренних органов проводится путем пункции.