Если вы собственник квартиры, а у вашей сестры нет доли в документах на квартиру, то разменять квартиру она не имеет права. Если бы она имела право на жилплощадь, можно было бы разделить квартплату на два лицевых счёта и каждый платил бы отдельно.

А так можно только составить Договор найма жилого помещения, согласно которому она должна будет платить вам за проживание, как арендатор. Вот захочет ли она его подписывать неизвестно.

Человек,который прописан (зарегистрирован)не имеет права требовать размена,он имеет право только на проживание.Если собственник и прописанный(зарегистрированный) наниматель не могут найти общее решение по оплате за жилье,то нанимателя надо выписывать.Если он прописан на определенный срок,то по окончании срока будет регистрация закончена автоматически,если прописан без определения срока,то выписать можно через суд или создать нанимателю невозможные условия для проживания.Все это конечно плохо,но жить с разногласиями еще хуже.И непонятно,как оказалось,что сестра зарегистрирована,но доли не имеет и кто ее прописал и в какое время?Автор вопроса не написал конкретной ситуации по такому вопросу.