Оба варианта написания корректны, но предпочтительнее использовать вариант «изучение особенностей грамматического строя речи у младших школьников». Такая рекомендация связана с тем, что в варианте "изучение особенностей грамматического строя речи младших школьников" обнаруживается навязчивое повторение родительных падежей.