Ни так ни так.

В прилагательном "магистерский" (например, магистерская диссертация) ударение падает на второй слог: маги́стерский.

Справедливости ради, в некоторых словарях приводится два варианта: маги́стерский и магистéрский (оба с буквой "е"), но относятся они значению слова "магистр" как учёной степени, при этом как предпочтительный указывается вариант с ударением на "и". Если же это глава рыцарского ордена (магистр ордена), то вариантов нет - только "маги́стерский ".

И да, "е", хоть и безударная, произносится мягко, как [е], а не как [э].