Запятая перед тире нужна, чтобы закрыть придаточную часть что бронирование раздельное. Впрочем, между частями бессоюзного сложного предложения гораздо более уместным будет поставить двоеточие, поскольку во второй части названа причина того, о чем говорится в первой: Вероятно, это связано с тем, что бронирование раздельное: авиакомпании разные.