Не могу сказать про все СНТ, в моем, например, взносы считают с площади участка. Думаю, что решение о том, как считать принималось на общем собрании. Лучше всего будет этот вопрос уточнять у председателя. У него же должны быть и протоколы собрания, на котором это решение принималось.