Если у вас есть есть сертификат, а ключ сформирован на Рутокен, для установки сертификата и связывания его с ключом используйте КриптоПРО CSP - Сервис - Установить личный сертификат. По запросу системы указать место хранения файла сертификата, обычно с расширением .CRT, поставить чек-бокс "Найти контейнер автоматически". Если сертификат математически связан с ключом хранящимся в контейнере произойдёт чудо воссоединения, при этом сертификат зарегистрируется в системе.

Если ваш ключ (файл с расширением .PFX) необходимо скопировать на Рутокен, можно воспользоваться "Панелью управления Рутокен", раздел "Сертификаты", опция "Импорт". Важно знать пароль к файлу .PFX, который как правило присваивают ключу на этапе его формирования.

Существует ещё несколько менее наглядных и менее удобных способа копирования сертификата на Рутокен.