Согласно законодательства на предприятиях устанавливается день выдачи зарплаты(и аванса) согласно штатного расписания. Бухгалтерия ведет ежемесячную отчетность ( куда входит и зарплата). Квартальный отчет состоит из 3 месяцев, сюда включаются и расходы по зарплате. И больше ничего общего с отчетом ФНО зарплата не имеет. А задержку выдачи заработной платы не в сроки нужно обжаловать ( можно в прокуратуру).

Квартальный отчет сдается соответственно один раз в квартал за прошедший квартал. А вот заработная плата выплачивается не реже двух раз в месяц,таковы требования российского трудового законодательства. Соответственно все организации начисляют заработную плату дважды в месяц и никакой связи с датами квартального отчета нет.