Существительное склоняется, т. е. корректно будет два герца.
В форме родительного падежа множественного числа возможны два варианта: герцев и герц. Если слово следует за числительными, оно имеет нулевое окончание: пять герц, 100 герц. Без числительных используется форма с окончанием -ев: много герцев.