Ход рассуждения следующий.

Заменим местоимение существительным, вместо которого оно употреблено:

Не все растения прижились.

Ясно, что вместо (не) все растения возможны варианты многие растения, некоторые растения, сильные растения, слабые растения и т. д. Очевидно, что подлежащим является только существительное, а местоимение служит определением к нему. Определение является одним из второстепенных членов, но может играть решающую роль в формировании общего смысла предложения — как и другие второстепенные члены; однако это еще не основание для того, чтобы включать их в один из главных членов.

То же касается и исходного варианта предложения: подлежащее — они.