Это зависит от того, что такое ПКМ. Если это - правая кнопка мыши или партия коммунистов Молдовы, то они имеют женский род. Соответственно, "не работала ПКМ". Если речь идёт про Пермский краеведческий музей, то он имеет мужской род. Соответственно, в данном случае правильно будет "не работал ПКМ".