В данном предложении запятая между союзами "но" и "когда" ставится потому, что здесь имеется сочетание сочинительного союза "но" с подчинительным союзом "когда".  Внутри второй части предложения "Он продолжал путь, но... неожиданно шина свистнула и осела" находится придаточное времени "когда оставалось всего двенадцать верст". Запятая разделяет главное и придаточное предложения.