Поскольку семантически выражение:

"была коробка с теми же конфетами, что были в пакете"

не равно выражению:

"была коробка с такими же конфетами, что были в пакете",

то можно считать, что конфеты из пакета съели Боря и Маша, несмотря на употребление в условии задачи слова "но" в выражении:

"Боря и Маша сидели на оставшейся скамейке, но у них была коробка с теми же конфетами, что были в пакет".

конфеты из пакета могли быть переложены в коробку , я предполагаю.

к тому же сказано, что у Бори и Маши "была коробка с теми же конфетами, что были в пакете".

то есть, конфеты были не точно такие же, как в пакете (но другие), а именно те же.

и опять же, тут можно обращать внимание буквально на каждую деталь условия.. "была коробка" и конфеты были, пакет с конфетами тоже лежал, а сейчас, может быть, уже и не лежит..

соответственно, смею предположить, что конфеты может быть и вовсе не были съедены.. а если их и съели, то, скорее всего, это были Боря и Маша