Блокнот Windows всегда имел ограниченный функционал и не очень удобный интерфейс, поэтому я им предпочитаю не пользоваться, проблемы с кодировками в нем обычное явление и удивляться им не стоит, а если вам часто требуется работать с текстами, то установите более функциональный редактор, например тот, который используют веб-разработчики, типа того, у которого логотип в виде листка бумаги с хамелеоном зеленым и карандашом с правой стороны, я например для редактирования файлов, страниц своего сайта и любых других текстовых файлов использую только его.

Вот в нем есть поддержка любых имеющихся кодировок, их этот софт определяет автоматически и никогда ничего не теряет, конечно если специально выбрать другую кодировку, то он может какие-то символы и не увидеть или показать нечитаемые символы, однако при этом легко выбрать другую кодировку или преобразовать одну в другую, когда это надо.

Но конечно нужно быть внимательнее, когда работаете с текстами, тогда проблем не возникнет.