Правильным будет вариант 2: При получении вы всегда можете проверить состав заказа, и, если вам не подходит срок годности позиции, вы можете от неё отказаться. Союз и связывает две грамматические основы в составе сложносочиненного предложения — вы (первое) можете проверить и вы (второе) можете отказаться; часть если вам не подходит срок годности позиции — это придаточная часть внутри главной. Заметим, однако, что с коммуникативной точки зрения лучше разделить высказывание на два предложения: При получении вы всегда можете проверить состав заказа. Если вам не подходит срок годности позиции, вы можете от неё отказаться.