Чтобы как можно скорее изъять из обращения более мелкие купюры. Заметьте, пятьдесят и десять рублей с лёгкостью входят "в жерло" банкомата, но оттуда не возвращаются.

Мне кажется дело в количестве кассет с купюрами , которые вставляют в банкомат. Когда решили избавиться от мелких купюр в 5 и 10 рублей, то банкоматы выдавали сумму кратную 50 рублям, но тогда не было 5000 купюр. Когда же банкоматы адаптировали под пятитысячную купюру, то купюре в 50 рублей не осталось места. Вот и стали выдавать сумму кратную ста рублям.

Есть ещё версия, чтобы на счетах оставался остаток, хоть 10 рублей, которые нельзя снять наличными.

Возможно ещё, что банкам выгоднее, чтобы платежи шли безналом , наличные деньги - дорогое удовольствие, их чеканка и печать затратное дело.