На момент основания действительно старых деревень у основателей фамилий еще не было.
У крестьян фамилии появились только в начале 19 века. До этого времени крестьяне назывались по имени отца или носили прозвища, часто передававшиеся от отца/деда.А крепостные еще и приставку от фамилии владельца (чьи/чей).
Поэтому деревни назывались по имени или прозвищу основателя, если он из крестьян, по фамилии основателей если они были из бояр, князей (у них фамилии были с 13-16 веков) или по какой-то характерной примете этой местности.
Иногда переселенцы, обживающиеся на новом месте, называли новую деревню по названию старой, откуда уехали, добавляя приставку "ново". так появлялись Новогригорьевки и Новопавловки, Новоалександровск, Новоузенск и др.