Нужно закрыть запятой придаточное предложение если споры разные; желательно также построить вторую часть однотипно с первой (слово растение при этом повторять не нужно): Если споры одинаковые, растение является равноспоровым, а в том случае, если споры разные, — разноспоровым: из его спороцитов образуются микроспоры и мегаспоры.