Скорей всего, это ушной клещ (по-научному псороптоз). Он бывает не только у кроликов, а ещё у кошек и собак. Он своей жизнедеятельностью вызывает зуд в ушах питомца, отчего тот их чешет.
По крайней мере, описанное вами кроличье поведение очень похоже на проявления ушного клеща у котиков.
Сам этот клещ мелкий, и его заметить невооружённым глазом невозможно, зато можно заметить болячки и царапки в ушах.
Для лечения применяются специальные ушные капли и спреи, но конечно, всегда надёжней показать животное ветеринару.