Сперва я было подумал, что отличие состоит в частоте и диаметре отверстий, но как-то не укладывалось это в старых мозгах, потому и тянул с ответом на ваш вопрос...
Потом мне подумалось, что "прошивка" и отверстия в металле меж собой вообще никак не связаны. Прошивкой вероятно считается соединение металлов способом точечной бездуговой сварки (за счет местного разогрева и сильного сжатия деталей), которое характерно для тонколистового металла.
А вот отверстия пробивают прессом (иногда просверливают или прожигают лазером, например), если надо сделать соединение на шпонках или заклепках (про типовое винтовое или болтовое соединение, я уж промолчу - это и козе понятно).
Если я правильно понимаю - "прошивкой" называют процесс проделывания отверстия в металле без удаления части металла в месте отверстия.
Грубо говоря - это продавливание отверстия чем-то тонким с большой кинетической энергией - сильным ударом тонким предметом, струёй плазмы или даже воды с очень высокой скоростью.
Металл в месте прошивки не удаляется, а как-бы "выворачивается в противоположную сторону.
Пробивка же - стандартный процесс, когда твёрдый инструмент-пробойник удаляет часть металла, создавая отверстие соответствующей формы.