Они жили отшельниками долгое время в природе, в среде где нет вирусов. Они не прививались ни от чего и не имели контакт с людьми.

А как ,известно, уже в те годы много детей умирало от оспы, ветрянки. Велись работы над вакцинами.

И современные люди, которые были геологии имели иммунитет от таких болезней но могл быть их переносчиками.

И когда первые геологи зачастую в гости к Лыковым, скорее всего они занесли какой-то вирус, и так друг за другом умерли братья и сестра, а потом и отец Агафьи.

Травы не помогли. И те средства, которыми они , обычно, лечили, жар и простуду.