Да, такие слова есть. В «Русском орфографическом словаре РАН» зафиксированы междометие ых; глагол ы/кать (произносить звук ы) и производное от него существительное ы/канье; существительное ыр (песня у некоторых тюркских народов). Кроме того, нельзя забывать, что и само слово ы - название буквы - является несклоняемым существительным среднего рода.
В «Русском орфографическом словаре РАН» зафиксировано: змееяд.