Слова колдун, колдовать восходят к древней индоевропейской основе и имеют соответствия в других европейских языках. Первоначальное значение слова колдун - "говорящий". Так же как слово волхв образовано от старославянского глагола со значением "непонятно говорить". Мотивировка у этих слов одинакова: колдун, волхв - тот, кто говорит непонятными словами. Этимологически родственны существительному колдун слова глагол, колокол и др.