Для того чтобы ответить на Ваш вопрос, следует обратиться к истории слова идти. Первоначально существовали формы ити (инфинитив), но иду, идёт и т. д. Форма инфинитива идти образовалась в XIV веке именно под влиянием личных форм, и д выступало в роли суффикса. Теперь ид считается корнем, однако древний корень (и, который впоследствии стал й) в современном русском языке сохраняется в глаголах с приставками в начальной форме: прийти (< приити), зайти (< заити), найти (< наити) и т. д.