Мы проконсультировались с профессором В. В. Лопатиным. Его рекомендация: писать Винни-Пух все же через дефис. Аналогичное написание приводится и в «Энциклопедии литературных героев». В размещенной на нашем портале электронной версии «Русского орфографического словаря» по указанию В. В. Лопатина написание исправлено на дефисное.